Die nicht nur räumlich größte Sehenswürdigkeit von Seligenstadt ist das ehemalige Kloster, das dem Idealmodell eines Benediktinerklosters nach dem Klosterplan von Sankt Gallen entspricht. Es liegt am Rande der Altstadt direkt am Main innerhalb der befestigten Stadtmauern.
Einhard, der Biograf von Karl dem Großen, erhielt die Siedlung „Obermulinheim“ 815 von Karls Sohn geschenkt. Einhard gründete dort um 828 das Kloster und wurde nach dem Tod seiner Frau Imma im Jahre 830 als erster Abt eingeführt.In Rom erwarb Einhard Reliquien der frühchristlichen Märtyrer Marcellinus und Petrus, die er nach Obermulinheim überführte. Ihnen ist die heute als Einhard Basilika bekannte Klosterkirche gewidmet.
Um den Heiligenkult zu institutionalisieren und die Pilger zu betreuen, setzte Einhard einen Konvent aus Geistlichen ein.
Mit den wachsenden Pilgerströmen und überregionaler Bekanntheit wurde aus „Obermulinheim“ nach und nach „Seligenstadt“.
Das Kloster Seligenstadt wuchs zu einem wirtschaftlichen und politischen Zentrum und erwarb umfangreichen Besitz. Die Abtei erhielt zahlreiche Schenkungen in Orten beiderseits des Mains, stand aber lange in rechtlicher und wirtschaftlicher Konkurrenz zur Stadt.
In der Reformationszeit wurde die Abtei 1525 im Bauernkrieg durch die Stadtbürger angegriffen und geplündert. Plünderungen wiederholten sich auch im Dreißigjährigen Krieg.
Erst ab dem Ende des 17. Jahrhunderts erlebte das Kloster eine neue Blüte. Die Anlage wurde in barocken Formen erneuert und prächtig ausgestaltet. Doch 1802 wurde das Kloster säkularisiert und die religiösen Einrichtungen aufgelöst. Heute gehört die prächtige Anlage dem Land Hessen und ist öffentlich zugänglich.